前210年七月的一天，秦始皇在河北巨鹿东南的沙丘平台因病驾崩。当时随同秦始皇巡游的左丞相李斯恐天下有变，立刻封锁了消息，并谎称皇帝身体不适，直接由沙丘返回咸阳。为使秦始皇的少子胡亥篡得皇位，郎中令赵高与公子胡亥、左丞相李斯在返回咸阳的途中共同密谋，篡改了秦始皇遗诏，赐死太子扶苏，更立胡亥为太子。太子胡亥篡取皇位，史称秦二世。
胡亥即位以后，自知用不正当的方法夺去了皇位而心中胆怯，又认为年轻无为且经验不足怕不能服众，便效仿秦始皇巡行郡县的办法，以图“威服海内”。同时他也非常担心地对赵高说“今朝内大臣还未听从我，郡县官吏的势力也比较强大，如我的兄弟与我相争皇位，那该怎么办啊？”赵高明白了胡亥的心思，心中一阵窃喜。同时他为了实现自己专权的野心，阴险地对胡亥说道：“陛下这次巡游天下，应趁机树立自己的威信，诛杀那些不听从的公子、官吏，这样才能有至高无上的权威。”由于赵高唆使，胡亥杀死了自己的兄弟和姐妹二十多人及大将蒙恬、蒙毅兄弟和朝中的许多大臣，并且又寻找机会对地方官吏痛下毒手，大开杀戒。事实上赵高已把年轻无为而且愚昧残暴的胡亥，当成了扩张自己权势的工具了。
秦二世胡亥不但肆意放纵自己的欲望，而且继续推行秦始皇以来的暴政，并在全国大量征集农夫续修阿房宫、驰道、骊山陵，征调五万士卒到京城咸阳服兵役。就当时社会情况看，其赋税的繁重，刑罚的苛暴，与秦始皇统治之时相比，可以说是有过之而无不及，致使阶级矛盾更加尖锐，最终导致了陈胜吴广大泽乡起义的爆发。
陈胜吴广起义的消息很快传到咸阳，秦二世胡亥根本不相信这一事实，但一时也没有什么对策。于是便召见了叔孙通等三十多位博士儒生询问对此事的意见。听说秦二世胡亥亲自征询建议，博士儒生一个个受宠若惊，激动不已。秦二世胡亥问道：“听说从楚地征集戍边的士卒攻下蕲县进入陈县，对这件事各位有什么看法？”绝大多数博士儒生走向前去说：“做臣子的不能聚众，聚众就是造反，这是死罪不能宽赦，希望陛下赶快发兵攻打他们。”并且又纷纷借机献策说：“停建阿房宫，减免徭役和赋税，减轻百姓负担，让百姓休养生息……。”一心只想贪图安逸享乐的秦二世一听就发火了，脸色顿时变了样。叔孙通却会意地走向前去，说道：“各位儒生的话都不对。当今天下已合为一个大家，毁掉郡县城池，销熔各种兵器，向天下人昭示不再用它。况且上有贤明的君主，下有完备的法令。当今人人遵法守职，四面八方都归附朝廷，哪有敢造反的！这只是一伙盗贼行窃罢了，何足挂齿啊。郡守县尉正在搜捕他们以罪论处呢，不值得担忧。”尽管胡亥也知道“盗贼”并非像叔孙通说的那么简单，可是他却希望乃至非常喜欢听到叔孙通这样的话，也更希望整个咸阳城的人们都能像叔孙通这样说话。叔孙通的这一番话极大地满足了胡亥的虚荣心，安慰了秦二世的惶恐心理。此时胡亥满心欢喜，直夸叔孙通说得好。然后胡亥又问其他人，儒生们有的说是造反，有的说是盗贼。于是秦二世命令监察官审查每个儒生说的话，说是造反的都交给官吏治罪，说是盗贼的都免掉职务。对叔孙通却赐给二十匹帛、服装一套，并拜他为博士。叔孙通心惊胆战地走出皇宫，急急忙忙地回到家里，一些儒生问道：“先生，今日您为什么如此矫饰虚言，谀媚陛下呢？”叔孙通反驳道：“各位难道不知，我几乎逃不出虎口啊！”当天夜里，叔孙通就吩咐家人将行装等一些能带走的东西一一装上马车，并让管家把城门的军兵疏通好。次日黎明，孙叔通便混在出城的人群里一起出了咸阳城，直奔原籍薛城。
叔孙通及儒生落得如此下场，是与儒学在秦朝的处境有密切关系的。秦始皇统一六国以后，为适应秦朝建立大一统帝国的需要，政治上废除了分封制施行了郡县制，文化上统一了文字，经济上统一了货币和度量衡。然而为实现思想上的大一统，秦始皇接受了法家代表人物李斯“焚书坑儒”的建议，从此法家思想成为秦朝治国的主导思想。儒家学说失去了战国以来的显学地位，其思想不被接受和重用；儒生失去了施展才能和智慧的广阔空间，处于不被重视的地位。面对如此的困境，身为儒者且满腹经纶的叔孙通渐渐地意识到自己的平生所学将不能得以施展，并且也感触到自己每日都处于提心吊胆的地步。尤其是看到胡亥愚昧和贪婪后，他做出了“良禽择木而栖”的选择，去努力开辟属于自己的一片天地，实践儒学的“修齐治平”之道。对此，世人认为叔孙通“面谀”，但这只是叔孙通的一种表面现象，却不知道叔孙通深谙先秦儒家的“权变”思想。
儒学既是一种“为人治世”之学，也是以一种“通权达变”之学，孔子说：“可以同一个人一道学习，未必可以同他一道取得某种成就；可以同一个人一道取得某种成就，未必可以同他一道立身行道；可以同一个人一道立身行道，未必可以同他一道通权达变。”孔子也说：“君子之所以能够达到中庸的标准，原因是君子的言行时时处处符合中庸之道。”这就说明一个道理，无论处理任何问题、做出任何决定，或坚守什么道义，应随机应变、随宜而变，不能一条道走到底，不知“权变”。那么，叔孙通对秦二世胡亥的机变应答，以及为避祸而毅然决定返回原籍的举动，正体现了儒家提倡的“知权达变”，备受司马迁称赞，称叔孙通能“希世度务，制礼进退，与时变化”。
